Ernst Kolbe verlebte seine Jugend auf einem Gut in der Nähe von Stargard in Pommern. Ab 1895 studierte er Malerei und Zeichnung an der Akademie der bildenden Künste in Berlin bei Julius Ehrentraut und Paul Vorgang. 1899 trat Kolbe in das Atelier des Landschaftsmalers Eugen Bracht (1842 – 1921) ein, dem er 1902 als Meisterschüler nach Dresden folgte. An der dortigen Kunstakademie wurde er 1903 mit einer goldenen Medaille ausgezeichnet. 1906 kehrte er nach Berlin zurück und wurde Mitglied des Vereins Berliner Künstler. Im Rahmen der Großen Berliner Kunstausstellung 1912 veranstaltete Kolbe eine Sonderausstellung nur mit seinen Werken.
eben der Pommerschen Landschaft, der Ostseeküste von Lübeck bis Danzig, den Tiroler Bergen und den Dünen auf Sylt schilderte Kolbe auch gern die Innenräume der Fischer- und Patrizierhäuser, wie z. B. die des Uphagenhauses in Danzig. Darüber hinaus ist er Autor von zahlreichen Lithographien, unter anderem mit Ansichten von Danzig und der Ostsee. 1943 wurde seine Berliner Wohnung ausgebombt und zahlreiche Bilder zerstört. Ernst Kolbe starb bei seiner Tochter am 17. Juli 1945 in Rathenow/Havelland.